En el marco del desarrollo de la causa Cuadernos, distintos sectores volvieron a cuestionar el accionar del sistema judicial, señalando irregularidades en el proceso y planteando que no existe una búsqueda real de la verdad en la investigación.

Los cuestionamientos se centran en el uso de los cuadernos como principal elemento probatorio, así como en el mecanismo de imputados colaboradores, sobre el que se advierten posibles presiones para la obtención de declaraciones.

Asimismo, se señala que la causa se inscribe en una lógica de judicialización de la política, en la que primaría la construcción de acusaciones por sobre el esclarecimiento de los hechos.

En este sentido, se advierte sobre la falta de profundización en líneas de investigación relevantes y la utilización de herramientas judiciales que, según las críticas, debilitan las garantías del proceso.

La causa Cuadernos es uno de los expedientes más relevantes en materia de presunta corrupción en Argentina y continúa generando debate en torno al funcionamiento del sistema judicial y su vínculo con la política.